Los Hammers ganaron 1-0 en St Mary's el jueves y se sitúan 13º en la tabla, nueve puntos por encima de la zona de descenso.
El guardameta Lukasz Fabianski, el central Max Kilman y el centrocampista Carlos Soler fueron baja ante el Southampton por lesión, mientras que Tomas Soucek y Guido Rodríguez fueron amonestados y deberán cumplir un partido de suspensión.
"Siempre estamos contentos cuando conseguimos una victoria", dijo Lopetegui. "Ahora tenemos que gestionar y manejar estos problemas para el próximo gran reto contra el Liverpool".
Alphonse Areola tuvo una buena actuación en la portería contra los Saints en lugar de Fabianski, que recibió un feo golpe en la cara en el minuto 29. Jean-Clair Todibo, por su parte, impresionó tras sustituir a Kilman.
"Los jugadores del banquillo demuestran que estaban preparados, lo cual es una buena noticia porque sabes cómo vas a empezar un partido pero no sabes lo que va a pasar, así que tienes que estar preparado para ser competitivo", dijo Lopetegui, entrenador de los Hammers.