Un regulador independiente ha impuesto la sanción después de que Chelsea reconociera el cargo, según detalló la FA en un comunicado.
El club fue acusado a principios de este mes tras el lanzamiento de la botella, que según medios contenía agua, mientras Villa celebraba su triunfo el 27 de diciembre.
"Me informaron de una acusación según la cual un miembro no identificado de la zona técnica del Chelsea había lanzado una botella de bebida de plástico en dirección a la zona técnica del Aston Villa", escribió el árbitro Stuart Atwell en su informe sobre el incidente.
El Chelsea, sexto en la tabla, visita al Crystal Palace el domingo 25 de enero, mientras que el Villa, tercero, juega en Newcastle United.