La salida de Kluivert llega después de la "devastadora" derrota sufrida el domingo por Indonesia en Yeda ante Irak, que ha puesto fin a sus opciones de clasificarse para el Mundial del próximo año en Estados Unidos.
"Tras un diálogo abierto, completo y respetuoso, ambas partes han acordado finalizar este acuerdo," ha comunicado la federación en Instagram. No se ha especificado el motivo de la rescisión.
Indonesia aspiraba a clasificarse para el Mundial por primera vez desde que el país logró la independencia de Países Bajos en 1945. Además, su avance hasta la cuarta ronda de las eliminatorias asiáticas ha sido el mejor resultado de su historia.
Kluivert, exjugador de AC Milan, Ajax y Barcelona, fue contratado en enero con un contrato que expiraba el próximo año. Ha dirigido a un equipo formado en gran parte por futbolistas de la diáspora neerlandesa del país.