El extremo Fofana, de 20 años, fue retirado en camilla visiblemente conmocionado tras torcerse de forma impresionante el tobillo en una acción con Ismael Doukoure, del Estrasburgo, durante el partido del domingo entre ambos equipos.
El Lyon calificó la lesión como una "esguince grave del tobillo derecho" y afirmó que Fofana "muy probablemente tendrá que ser operado, lo que le mantendrá alejado de los terrenos de juego durante varios meses".
Doukoure fue expulsado tras la revisión del VAR por la jugada, y el Lyon acabó ganando 2-1 gracias a un gol tardío del sustituto de Fofana, Afonso Moreira.
Con la victoria, el Lyon ocupa el cuarto puesto en la Ligue 1 con 18 puntos, a sólo dos del líder, el París Saint-Germain, tras nueve jornadas.
El club es también uno de los tres que suman el máximo de nueve puntos tras tres partidos en la fase de grupos de la Europa League.
Sin embargo, perder a Fofana hasta bien entrado el nuevo año supone un duro revés para un club que apostaba fuerte por su talento, tras haber vendido en verano a los delanteros Rayan Cherki y Georges Mikautadze, que milita en el Villarreal, durante el verano.
El capitán Alexandre Lacazette también se marchó al término de su contrato, y las graves dificultades financieras del Lyon permitieron pocas incorporaciones. El club, siete veces campeón de Francia, llegó a estar condenado al descenso a la Ligue 2 debido a sus deudas, pero logró revertir esa decisión en apelación.
Fofana, que ha jugado los cuatro últimos partidos con Bélgica, suma dos goles en 12 encuentros esta temporada con el Lyon y ha marcado 11 veces en 41 partidos en la temporada pasada.
Durante el mercado de verano, se le relacionó con el Everton y el Bayern de Múnich, pero decidió quedarse en el Lyon.