El colombiano Stiven Mendoza inauguró el marcador para el León en los compases iniciales gracias a un cabezazo en el área chica con la primera asistencia de James Rodríguez.
El Atlético emparejó con un cabezazo del francés Sébastien Salles-Lamonge a los 22 minutos.
Paul Bellón hizo el 2-1 con un testarazo al 87', tras un tiro de esquina por izquierda ejecutado por James.
El '10' colombiano fue titular y salió de cambio antes del descuento.
Así, el León llegó a 19 puntos y se mantiene como líder invicto del campeonato, mientras que el Atlético San Luis se estancó en el puesto 17 de la clasificación con tres unidades.