Los locales tardaron sólo siete minutos en abrir el marcador, con un remate de cabeza de Tomas Chory a centro raso de Lukas Provod, que supuso su 10º gol en todas las competiciones esta temporada.
Dominik Livakovic se encargó de detenerlos disparos de Jan Boril y David Doudera, mientras los locales seguían presionando.
Sin embargo, el Fenerbahçe sí amenazó, con una parada de Tomas Holes en el último minuto que impidió a Edin Dzeko ver puerta.
El Slavia no tardó en volver a crear problemas con sus centros, aunque Doudera y Chory no supieron aprovechar la calidad de los balones que les llegaban, en dos ocasiones cada uno.
Este despilfarro fue castigado en el minuto 35, cuando una rápida jugada del Fenerbahçe desembocó en un recorte de Dzeko a Boril, el bosnio colocó su disparo lejos del alcance de Antonin Kinsky.
Provod, que ya había puesto un par de centros, creyó haber restablecido la ventaja de su equipo con una volea que se coló junto al poste, pero el gol fue anulado por fuera de juego del Chory.
Antes de la reanudación se produjeron animados intercambios de golpes, y la situación siguió siendo competitiva, ya que los locales recibieron dos tarjetas amarillas a los diez minutos de la reanudación. Doudera dispuso de una gran ocasión que no pudo transformar.
En el minuto 78, José Mourinho dio entrada a Irfan Kahveci y Youssef En-Nesyri . Siete minutos después de su entrada en juego, En-Nesyri recibió un pase de Dusan Tadic y batió con gran habilidad a Kinsky, aunque el guardameta tocó su disparo.
Jindrich Trpisovsky respondió rápidamente con una doble sustitución, pero su equipo fue incapaz de volver a igualar la contienda, sufriendo una tercera derrota consecutiva en la Europa League y cayendo de los puestos de play-off.
El Fenerbahçe, por su parte, puso fin a su racha de tres partidos sin ganar en competición europea para escalar hasta la 15ª plaza y situarse a sólo dos puntos de la clasificación automática.
Jugador Flashscore del partido: Provod (Slavia de Praga)