Tras el 1-1 de la ida en España, el United recibió en Old Trafford el gol de penalti de Mikel Oyarzabal antes de que Fernandes marcara tres goles, dos desde el punto de penalti, para poner a los anfitriones en cabeza.
Su compañero, el internacional portugués Diogo Dalot, añadió un cuarto tanto en el tiempo añadido para sellar una victoria por 5-2 en el global y enviar al United a cuartos de final.
"Cuando lo necesitamos, (Fernandes) siempre está ahí", afirmó Amorim. "Puede hacer avanzar el balón. Puede marcar goles. Es un capitán perfecto para nuestro equipo y tenemos que ayudarle a ganar títulos".
Sin embargo, Amorim señaló que Fernandes a veces era culpable de desorganizar al United al desviarse de su posición en busca del balón.
"Sabemos que a veces está frustrado", añadió Amorim. Sabemos que tiene muchas ganas de ganar y, cuando las cosas no van bien, cambia de posición y va a por el balón".
"A veces necesita confiar en sus compañeros".
El United visita el domingo al Leicester City en la Premier League.