Lewandowski marcó su primer gol en la Liga de Campeones con los colores del Borussia Dortmund. El 19 de octubre de 2011, en el minuto 26 de un partido fuera de casa contra el Olympiakos de El Pireo, batió al portero con un disparo raso cerca del poste. El equipo alemán perdió 3-1.
Lewy, con 23 años, no pudo aumentar su cuenta esa temporada, y su equipo acabó último de grupo, poniendo fin rápidamente a su participación en la competición.
La siguiente edición de la Champions le dio muchas más alegrías al exjugador de, entre otros, el Znicz Pruszków y el Lech Poznań. Lewandowski la inició con un gol que sirvió para que el equipo de Dortmund se impusiera por 1-0 al Ajax de Ámsterdam en la inauguración, y posteriormente marcó tres tantos más en la fase de grupos.
El BVB ganó el grupo, eliminó con seguridad al Shakhtar Donetsk en octavos de final y libró una dramática batalla a doble partido contra el Málaga en cuartos. Tras el 0-0 en España, perdían en casa en el minuto 90 por 1-2 (gol de Lewandowski), y en el tiempo añadido los locales, con la inestimable colaboración y ayuda del árbitro, Thompson, marcaron dos goles más y se metieron en semifinales.
En esta fase -el 24 de abril de 2013- Lewandowski sorprendió al mundo del fútbol. El Borussia ganó el primer partido contra el Real Madrid por 4-1, y todos los goles del equipo de Dortmund los marcó el polaco. Entró en la lista de goleadores en el minuto 8, 50, 55 y de penalti en el 66. Tras el último gol se alegró mostrando cuatro dedos a todo el mundo....
Los aficionados no podían creer lo que estaban viendo. "¡Lewy, es increíble lo que estás haciendo!", gritaban, moviendo la cabeza con incredulidad. Toda la grada temblaba de alegría.
"No vigilamos a Lewandowski, aunque sabemos cómo juega, lo sabemos todo sobre él. El chico merece crédito, pero le ayudamos con nuestros propios errores", comentó José Mourinho.
"No se puede negar que estoy orgulloso. En una semifinal de una competición como ésta, cuatro goles, contra el Real Madrid, después de un partido como éste.... tengo que estar contento", subrayó el francotirador polaco, que reconoció que afrontó el lanzamiento del penalti sin miedo. "No tuve dudas. Me sentía bien en el campo y ya habíamos decidido que sería yo quien lo intentaría. Sé que un 'once' siempre es una lotería, pero lo conseguí", añadió.
Los medios alemanes escribieron al día siguiente sobre el "mago amarillo y negro", en referencia al color de la indumentaria del BVB, los medios españoles escribieron que "la pesadilla del Real se llama Lewandowski", y el diario francés l'Equipe le otorgó por sexta vez en su historia la máxima calificación de 10 tras su actuación.
El Borussia "polaco", porque entonces sus colores también estaban representados por Jakub Blaszczykowski y Lukasz Piszczek, llegó a la final, en la que, sin embargo, sucumbió ante el Bayern de Múnich por 1-2 en Wembley. Lewandowski, con 10 tantos, se convirtió en el subcampeón de goleadores, por detrás del portugués Cristiano Ronaldo, del Real Madrid, quien anotó 12.
La temporada siguiente, el equipo de Dortmund, gracias en parte a los seis goles de Lewy, alcanzó los cuartos de final de la máxima competición europea, pero tuvo que reconocer la superioridad del... Real.
El polaco marcó más goles ya con la camiseta del Bayern de Múnich, por el que fichó en el verano de 2014.
El 5 de septiembre de 2015 marcó su segundo triplete en la Liga de Campeones, cuando los bávaros aplastaron al Dinamo de Zagreb por 5-0 en la fase de grupos, y tuvo que esperar hasta el 27 de febrero de 2018 y dos certeros disparos en el partido contra el Benfica de Lisboa, que su equipo ganó por 5-1, para dar su golpe número 50.
La "pandémica" temporada 2019/20 se convirtió en un gran avance para él y para el Bayern, pues el polaco y su equipo ya brillaron en la fase de grupos, derrotando a sucesivos rivales en racha. Lewandowski marcó 10 goles en cinco partidos, cuatro de ellos por segunda vez en su carrera: el 26 de noviembre de 2019 en la goleada a domicilio por 0-6 contra el Estrella Roja de Belgrado. Antes que él, solo el famoso argentino Lionel Messi con los colores del Barcelona había lucido tal hazaña dos veces (en una ocasión marcó cinco).
"Sin duda ha sido algo especial, pero estoy contento no sólo por mis goles, sino también por cómo ha jugado el equipo. Todo el equipo hizo un gran trabajo. No sé qué lugar ocupará este partido en mi clasificación, porque podría haber marcado dos goles más. Lo principal es que jugamos bien", dijo el delantero polaco, que sólo necesitó 14 minutos y 31 segundos para completar su póker, récord de la Liga de Campeones.
"Tengo que confesar que soy adicto a marcar goles", resumió aquella tarde.

En primavera, la pandemia de COVID-19 paralizó la competición de la Liga de Campeones durante seis meses. La UEFA decidió que la temporada no terminaría hasta agosto de 2020, en forma de minitorneo en Portugal. Lewandowski y los muniqueses continuaron con su gran racha: dos goles en la revancha de los octavos de final contra el Chelsea londinense (4-1), un gol en cuartos de final contra el Barcelona (2-8), otro en semifinales contra el Olympique de Lyon (2-0) y, por último, la final, ganada por 1-0 contra el París Saint-Germain, el único partido de esa temporada en el que Lewandowski no aumentó su cuenta. Sin embargo, con 15 goles, se convirtió en el jugador más laureado de aquella edición y en el quinto polaco ganador de la Copa de Europa.
"Este es un sueño hecho realidad por el que he trabajado duro durante muchos años. Es el mayor trofeo que puede haber en el fútbol de clubes. El éxito también te espolea, me dará ánimos para seguir trabajando duro. No es el final, quedan muchos años de juego. La alegría es inmensa. Nos hemos esforzado mucho, tanto yo como el equipo, para ganar esta copa. Ganamos todos los partidos, nadie lo había conseguido antes", dijo Lewandowski.
"Dedico esta Copa a mi familia, a mi mujer y a mis hijos, pero desde luego también a mi padre...", añadió con lágrimas en los ojos.
Los aficionados tuvieron que esperar hasta la edición de 2021/22 para verle marcar en serie en la Champions. Anotó nueve en la fase de grupos, tres de ellos en la victoria por 5-2 sobre el Benfica. Otro hat-trick, el quinto, fue obra suya el 8 de marzo de 2022, cuando marcó tres goles al FC Salzburgo en la vuelta de los octavos de final, que acabó con victoria del campeón alemán por 7-1.
En la revancha de cuartos de final, el Bayern ganaba 1-0 al Villarreal tras el gol del polaco, pero los visitantes empataron en el minuto 88 y, gracias a la regla aún vigente entonces de que un gol marcado fuera contaba doble, avanzaron inesperadamente a semifinales.
En el verano de 2022, Lewandowski cambió Múnich por Barcelona. Comenzó sus actuaciones con sus nuevos colores con un hat-trick contra el Victoria Plzen checo (5-0), luego batió dos veces más al portero del Inter (3-3), pero las derrotas en Milán (1-0) y dos veces contra el... Bayern (2-0 y 0-3) hicieron que el Barça acabara tercero de grupo y siguiera luchando en la Europa League.
La temporada anterior fue decepcionante tanto para él como para el club de la capital catalana, que cayó en cuartos de final ante el PSG, aunque en el primer enfrentamiento en París se impuso por 2-3 (1-4 en la revancha).
En la competición de este año, en la que se cambió el formato al sustituir la fase de grupos por la de liga, Lewandowski empezó con una cuenta de 94 goles. Mejoró su cuenta en cinco. Marcó un gol contra el Bayern de Múnich (4-1) y batió dos veces a los porteros del Young Boys (5-0) y del Estrella Roja (5-2). En Belgrado, a principios de noviembre, marcó sus goles 98º y 99º en la Liga de Campeones.
El martes, con su tanto de penalti ante el Brest, se ha convertido en el tercer futbolista de la historia en alcanzar la centena, sólo por delante de Cristiano Ronaldo, que abre la clasificación de todos los tiempos con 140 goles, y de Messi, que acumula 129. Y que se ande con ojo el argentino porque el polaco ya tiene 101.